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Windows上でのUN*X環境として，Cygwin, VMWare Player, andLinuxと使い比べてみたが，結局のところVMWareに落ち着いた．
どれもWindows上でのコマンドライン処理をするのと，外部サーバからX飛ばすという用途には使えるので，デメリットが許容できる範囲だったVMWareを選んだ．

自分の思うそれぞれのデメリットは以下のような感じ．

Cygwinのデメリット

• パッケージの取り揃えが貧弱
• かといって自前コンパイルも茨の道

VMWarePlayre(+Xming)のデメリット

• 起動時に表示されるウィンドウがうざい
• 直接Windowsファイルシステムにアクセスする機能がない
• 何かと時計がずれる

andLinux(≒coLinux)のデメリット

• Windows再起動時になぜか毎回fsckが走る
• (ほぼ)常時Linuxカーネルがメモリを食う

Cygwinのパッケージシステムの貧弱さは致命的．あとWindowsはノートPCに入れているので，andLinuxのメモリ消費も地味にきつい．
不必要な時はプロセス殺しておくのもありだけど，使うたびにLinuxカーネルを再起動させるのも面倒．

VMWarePlayerのデメリットは，
時間のずれはVMWareCommandLineToolsで解決，
ウィンドウはTrayIt!でタスクトレイに入れておく，
ファイルシステムについてはsmbfsでも使ってやりくり，(セキュリティ的にちょっと嫌な所もあるけど)
てっ感じで回避した．

なんだかんだでメインの開発環境であるDebianをそのまま使えるのは便利．